در نهمین جلسه دوره جدید شورای عالی حوزه که در تاریخ 20 / 4 / 1391 با حضور همه اعضاء تشکیل شد، پس از تبادل نظر و بحث درباره گزینه‌هایی که برای مدیریت حوزه‌های علمیه مطرح شده بود و نیز بیان برخی از خواسته‌های شورا در دوره جدید، حجت الاسلام والمسلمین حسینی بوشهری به اتفاق آراء به عنوان مدیر حوزه‌های علمیه انتخاب شد؛ و نیز در همین جلسه به اتفاق آراء، آیت الله مقتدایی به عنوان دبیر دوم شورای عالی تعیین گردیدند.
منبع: اداره ارتباطات دبيرخانه شوراي عالي حوزه‌هاي علميه