حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی صبح روز یکشنبه مورخ 11/7/95 در دیدار اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه، حوزه‌ی علمیه را از حکومت اسلامی انفکاک‌ناپذیر دانستند و با تأکید بر نیازمندی حکومت اسلامی به حوزه‌ی علمیه‌ی «پرمغز و صاحب علم و پویا و نوآور و آشنا با نیازهای روز» به‌منظور امتداد معارف و احکام اسلامی در ابعاد مختلف زندگی و اعماق جامعه گفتند: یکی از نیازهای مهم حوزه‌ی علمیه در شرایط کنونی، «تدوین طرح تحول» در حوزه و برنامه‌ریزی بلندمدت، دقیق و زمان‌بندی‌شده بر اساس این طرح تحول و اهداف مورد نظر است.
ایشان با تأکید بر اینکه برنامه‌ریزی‌های حوزه‌ی علمیه در بخش‌های مختلف به‌ویژه دانش‌آموختگی و دانشوری، اجرایی و عرصه‌ی حکومت باید با هدف پشتیبانی و تغذیه‌ی ارتباط با حکومت اسلامی باشد، افزودند: حوزه‌ی علمیه پشتوانه‌ی اقامه‌ی حکم اسلامی است، بنابراین اگر حکومت اسلامی، حکم اسلامی را به‌خوبی اجرا کند، حوزه‌ی علمیه باید با تمام وجود از آن حمایت کند و اگر دچار اشتباه می‌شود، تذکر دهد.
رهبر انقلاب اسلامی «برنامه‌ی بلندمدت» برای حوزه‌ی علمیه را بسیار ضروری برشمردند و خاطرنشان کردند: دراین برنامه‌ریزی باید اهداف کاملاً مشخص و قابل دستیابی و دارای زمان‌بندی باشند به‌گونه‌ای که برنامه‌ی قابل سنجش کمّی و همچنین قابل انعطاف باشد.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با تأکید بر اینکه برنامه‌ی بلندمدت حوزه باید مبتنی بر یک «طرح تحول حوزه» باشد، افزودند: باید یک «مرکز مطالعات راهبردی» متشکل از نخبگان و فرزانگان هوشمند حوزوی تشکیل و برنامه‌ی تحول و دیگر برنامه‌های راهبردی حوزه، در این مرکز تدوین شوند.
ایشان در پایان سخنان خود، چند توصیه را بیان کردند و گفتند: پرهیز از دیوان‌سالاری‌های شبه دولتی، نشست و برخاست مدیران حوزه با طلبه‌ها، ایجاد فضای انس با قرآن در میان طلاب، شناسایی استعدادهای برتر، ترویج مطالعه به‌ویژه در زمینه‌ی سیرِ تاریخِ علوم حوزه و تفسیر، تربیت مبلغ‌های قلمی، سخنور و مبلغ فضای مجازی ازجمله نکاتی است که باید در حوزه‌های علمیه توجه ویژه‌ای به آنها شود.
پیش از بیانات رهبر انقلاب اسلامی، آیت‌الله استادی -دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه- گزارشی از برنامه‌ها و فعالیت‌های این شورا و مشکلات پیش روی آن بیان کرد.
همچنین حجت‌الاسلام والمسلمین اعرافی -مدیر حوزه‌های علمیه- مهم‌ترین اقدامات انجام‌گرفته طی سال‌های اخیر در بخش‌های مختلف حوزه‌های علمیه را تشریح کرد.