از ابتدای سال ۱۳۹۹ جلسات شورای عالی حوزه های علمیه در فضای مجازی بصورت ویدئو کنفرانس با حضور اعضای محترم برگزار گردیده است.
در اولین جلسه مورخ 1399/1/10به صورت ویژه موضوع ویروس کرونا و مسائل مرتبط با اقدامات حوزه های علمیه در قالب گروه های جهادی جهت کمک به بیماران مورد بحث و بررسی اعضای محترم قرار گرفت.
حضرت آیت الله حسینی بوشهری دبیر شورای عالی گزارشی از تماسهای صورت گرفته با مدیران حوزه های علمیه مراکز استانی و بررسی اقدامات انجام گرفته در استانها ارائه کردند.
اعضای شورای عالی حوزه های علمیه رعایت اصول بهداشتی و صیانت از سلامت افراد، و استمرار آموزش سطوح مختلف حوزه در فضای مجازی و همچنین لزوم فعال سازی بیش از پیش کمیته ای جهت پاسخگویی به شبهات ایجاد شده در خصوص بیماری کرونا و فضا سازیهای عمومی و رسانه ای را مورد تاکید قرار دادند
در این جلسه حضرت آیت الله اعرافی مدیر حوزه های علمیه گزارشی از اقدامات صورت گرفته در خصوص تشکیل ستاد بحران حوزوی، فعالیت گروه های جهادی حوزوی و اقدامات معاونت آموزش در ارتباط با استمرار آموزش سطوح مختلف حوزه از طریق فضای مجازی ارائه کردند.
در دومین جلسه شورای عالی حوزه های علمیه نیز ضمن بررسی امور جاری حوزه های علمیه مصوباتی در خصوص انتخاب برخی از مدیران حوزه های علمیه استانی و اعتبارت عمرانی و جاری حوزه تصویب شد